A bioenergia szektor működési elve, hogy olyan alternatív energiákat állítson elő, amely kiváltja a klasszikus véges fosszilis és veszélyes atomenergiákat, folyamatos fenntartható fejlődést biztosítva. Ilyen energiák például a nap-, a víz-, a szélenergia, illetve az első generációs növényi energiák hasznosítása.
Kiemelt prioritást élvez a másodlagos alapanyagokból, hulladékokból, állati melléktermékekből történő energia előállítás. Vállalatunk e szegmens szakértője, szorosan együttműködve a Fővárosi Csatornázási Művekkel, a Magyar Olaj- és Gázipari Nyrt-vel illetve a Környezetvédelmi Szolgáltatók és Gyártók Szövetségével. 

A Biofilter Környezetvédelmi Zrt. fő profilja a bioenergia szektor másodgenerációs, szerves alapanyagokkal történő ellátása az általa begyűjtött hulladékok, illetve állati melléktermékek komplex, inverz logisztikai folyamatának megvalósításával. A használt sütőolaj begyűjtése, feldolgozása,  a tisztított növényi olajok importja biztosítja a magyarországi és a környező országokbeli biodízel üzemek alapanyag ellátását.

Fő profilunk továbbá a HoReCa és FMCG területről való élelmiszerhulladékok, lejárt fogyaszthatóságú élelmiszerek (állati melléktermékek), illetve a forgalomba nem hozható állati eredetű melléktermékek és növényi eredetű hulladékok begyűjtése, feldolgozása és szállítása a biogázt előállító üzemekbe.
Tevékenységeink közé tartozik továbbá zsírok takarmányozási célra történő értékesítése, valamint tisztított növényi olajok és zsírok nagykereskedelme.

2011-ben a vállalat profilbővítés céljából további hulladékok kezelését is megkezdte, így a BIOFILTER Zrt. és GREENPRO Zrt. egy Cégcsoportként működve, az országos lefedettséget biztosító begyűjtő hálózatán keresztül komplex szerves hulladék – állati melléktermék feldolgozási szolgáltatást nyújt partnereinek.